Današnji Zagreb je nastal z združitvijo dveh srednjeveških naselij. Prvi pisni viri omenjajo mesto v letu 1094, ko je na Kaptolu osnovana škofija, sosednji Gradec pa je leta 1242 proglašen za samostojno kraljevsko mesto. Obe naselji sta imeli mogočno obzidje, čigar ostanke lahko občudujemo še danes.
Zagreb je imel v času turških vpadov od 14. do 18. stoletja v Evropi pomembno obrambno vlogo. Baročna obnova mesta od 17. do 18. stoletja je močno spremenila izgled Gradeca in Kaptola. Mesto je cvetelo zaradi trgovskih sejmov, prihodkov od posestev in mnogih obrtnih delavnic, kar se je pokazalo tudi na arhitekturni obnovi mesta. Zgrajene so bile razkošne palače, samostani in cerkve.
V mesto so se priselile bogate plemiške družine, kraljevski uslužbenci, cerkveni dostojanstveniki in bogati trgovci iz cele Evrope. Odpirati so se začele šole in bolnišnice, v mestu pa so se pričeli razvijati tudi kulturni običaji evropske prestolnice. Mesto je preraslo srednjeveške meje in je danes najpomembnejše upravno, gospodarsko in kulturno središče Hrvaške.
Po združitvi Kaptola, Gradeca in okoliških naselij v mesto Zagreb leta 1850 se razvoj mesta še pospeši. Potres leta 1880 pomeni pričetek obnove in modernizacije posameznih četrti in stavb v mestu. Zgrajene so bile reprezentativne javne stavbe, uredili so se parki in fontane, organiziran pa je bil tudi javni prevoz in komunalne storitve.
V 19. stoletju se je število prebivalcev podeseterilo. 20. stoletje je prineslo mestu izobilje in močno povezanost s takratnimi evropskimi središči kulture, umetnosti in znanosti. Z razvojem industrije se mesto v 60. letih prejšnjega stoletja razširi tudi na območje ob reki Savi in postaja moderno poslovno središče, pripravljeno na izzive tretjega tisočletja.