Die heutige Stadt Zagreb entstand durch die Fusion von zwei mittelalterlichen Siedlungen. Die ersten schriftlichen Quellen erwähnen die Stadt im Jahr 1094, als auf Kaptol erste Diozäse gegründet wurde, während die angegrenzte Siedlung Gradec als unabhängige Königsstadt erklärt wurde. Beide Siedlungen hatten mächtige mittelalterliche Mauer, deren Reste wir noch heute bewundern können.
Zagreb hatte zur Zeit der türkischen Invasionen vom 14. Jahrhundert bis zum 18. Jahrhundert in Europa eine defensive Rolle. Der barocke Wiederaufbau der Stadt vom 17. Jahrhundert bis zum 18. Jahrhundert änderte das Aussehen von Gradec und Kaptol. Die Stadt erlebte eine wahre Blütezeit: Messen, Feudalismus und viele Handwerksbetrieben brachten das Reichtum. Man baute prächtige Paläste, Klöster und Kirchen.
In die Stadt kamen wohlhabende Adelsfamilien, königliche Diener, kirchliche Würdenträger und Kaufleute aus ganz Europa. Man baute Schulen und Krankenhäuser und in die Stadt bekam kulturelle Tradition einer wahren europäischen Hauptstadt. Zagreb überwuchs die mittelalterlichen Grenzen und wurde zu dem wichtigsten administrativen, wirtschaflichen und kulturellen Zentrum auf diesem Gebiet.
Die Vereinigung von Kaptol, Gradec und nähesten Dörfern in die Stadt names Zagreb brachte im Jahr 1850 enorme Entwicklungsbeschleunigung. Nach dem Erdbeben im Jahre 1880 begann die Rekonstruktion und Modernisierung einzelner Viertel und Gebäude in der Stadt. Errichtet wurden repräsentative öffentliche Gebäude, Parks und Brunnen, organisiert wurde der öffentliche Transport- und Versorgungsunternehmen.
Im 19. Jahrhundert vergrößerte sich die Einwohnerzahl sogar zehnmal. Das 20. Jahrhundert brachte der Stadt Reichtum und eine starke Beziehung zu den damaligen europäischen Zentren der Kultur, Kunst und Wissenschaft. Mit der Entwicklung der Industrie in den 1960er Jahren verbreitete sich die Stadt auf das Gebiet um dem Fluss Sava und entwickelte sich in ein modernes Businesscenter, vorbereitet auf die Herausforderungen des dritten Jahrtausends.